Malé společenství bratří, které se vytvořilo kolem sv. Františka, dostalo v roce 1209 ústní potvrzení papeže Inocence III., a se zápalem začalo hlásat Evangelium. Nejprve v nížině Spoleto a pak na různých místech Itálie, což byl důvod přílivu nových povolání z různých vrstev společenství. Bratři obývající periferie měst ve dne hlásali Boží Slovo a v noci se oddávali modlitbě. Dvakrát do roka se setkávali na kapitulách, aby se poradili a organizovali rychle se zvětšující společenství. Na první generální kapitule v r. 1217 se Řehole rozdělila na 12 provincií. V roce 1220 se František vrátil z Egypta, aby zamezil šířícím se změnám v řádu. Aby se to neopakovalo, poprosil kardinála Hugolina o patronát nad řádem. Postaral se také o ustanovení noviciátu, o generálního ministra v osobě br. Eliáše a redakci Reguli (Non bullata-1221), kterou však později přepracoval.
V roce 1223 papež Honorius III. potvrdil bullou Reguli sv. Františka – čtvrtou a poslední reguli na světě. Po smrti Františka (1226) už řád tvořilo kolem 10 000 řeholníků. Za generála řádu br. Eliáše se otevřela studia teologie ve všech provinciích, začaly se budovat kostely a domy. Jeho zcentralizované, autoritativní vedení a vizitace však způsobili, že bratři se odvolali na papeže Řehoře IX., a na svolané generální kapitule v Římě byl br. Eliáš odvolán z úřadu generála.
Řád začal svůj ráz měnit na klerikální, což mělo svůj původ hlavně v potřebě kněžské služby. V roce 1257 byl generálem vybrán sv. Bonaventura, který se velmi přičinil o konečnou organizaci řádu (v roce 1260 Narbonské konstituce jako doplnění předcházejících z r. 1239), upřednostňoval život ve velkých klášterech a staral se o formování bratří.
Během Koncilu v Lyonu vznikly nepravdivé zprávy, že chtějí v řádu zrušit chudobu. Odezvou byl vznik Spirituálů, kteří se snažili o právní uznání Testamentu sv. Františka a nezměnitelnost Regule. I když je papež Bonifác VIII. (1295) zrušil, nepřestali existovat na okraji řádu.
Společenství minoritů kolem r. 1335 už mělo téměř 35 000 řeholníků. Přestože se řád vyznačoval životností na každém úseku apoštolátu (obsluha velkých kostelů, kazatelství, misie, úřady v Církevní hierarchii), podlehl rozkladu. Měly na to vliv různé události, kromě jiného i zmírnění chudoby papežem Janem XXII., následky moru v celé Evropě (1342-62), stoletá válka ve Francii či papežská schizma.
V takové atmosféře nechyběly pokusy o reformu. Nejvíce charakteristický ruch pod názvem Observanti (Osservanza – návrat k věrnému následování regule) začal v Itálii. Tito bratři začali přebývat v poustevnách, a když v roce 1415 byla na Koncilu v Konstancii potvrzena reforma, základ nové františkánské rodiny už tvořilo kolem 600 bratří. Byl to nový problém dotýkající se jednoty a klidného soužití. I když na začátku byly vztahy mezi Observanty a Konventuály dobré, postupně docházelo k jejich zhoršování. Papež Leon X. se usiloval vyřešit stoupající problémy a v r. 1517 na svátek Seslání Ducha Svatého svolal kapitulu v Římě. Když nedošlo k dohodě, jediným východiskem bylo úplné rozdělení řádu.
Kromě těchto problémů přibyly ještě další. Byly to hlavně ztráty z důvodu zabavení klášterů v portugalských a španělských provinciích, ve kterých králové toužící po majetku v rukou Řehole zničili mnoho klášterů. Podobně to bylo i ve Francii. Částečně to mělo svůj původ ve vzniku a šíření protestantismu, hlavně v Německu, Anglii a Dánsku, a také islámskými nájezdy. Celkově Řád ztratil asi 300 klášterů, počet provincií se snížil z 38 na 25. I přes tyto těžkosti neztratil svou životnost a pokusil se o reformu. V roce 1525 se v důsledku reformy od rodiny Observantů oddělila rodina Kapucínů.
V 18. století nastal čas zkoušek, ve Francii v důsledku revoluce, v Rakousku, Německu i v Maďarsku vlivem febronianismu a josefinismu. 19. století přineslo nové údery. To, co přestálo předešlé pronásledování, zničily výpravy Napoleona.
V roce 1818 bylo pod oltářem spodní baziliky v Assisi nalezeno tělo sv. Františka, což kromě jiných událostí přispělo k novému oživení. Téměř ve všech provinciích se otevírají nové kostely a kláštery. Statistika z r. 1880 udává 21 provincií, 2 misie a 38 klášterů. Není v ní zmínka o řeholnících, ale odhaduje se, že jich bylo něco přes 1000. Mnoho však chybělo do stavu z roku 1773, kdy bylo v Řeholi 25 000 řeholníků a 1257 klášterů v 40 provinciích.
V roce 1897 papež Leon XIII. Řád zreformoval. Dnes existují tři větve františkánské rodiny: Menší Bratři, Menší Bratři Konventuální a Menší Bratři Kapucíni.
